Sejak implementasi program di fase 1 (2016-2020) hingga di fase 2 (2020- 2023), INOVASI bersama mitranya menjalankan berbagai macam upaya yang fokus pada penguatan kualitas pembelajaran siswa SD/MI kelas awal, sesuai dengan permasalahan yang dihadapi di tiap daerah – mencari solusi lokal, untuk permasalahan lokal. Upaya-upaya yang dilakukan melalui skema program hibah turut dilakukan INOVASI untuk mendukung tujuan program, yakni mewujudkan perubahan dalam hal pembelajaran literasi, numerasi, dan karakter siswa SD/MI dengan menekankan aspek kesetaraan gender, disabilitas, dan inklusi.
Program-program dengan skema hibah INOVASI untuk LSM, LPTK, Mitra Pembangunan dan Organisasi Kemasyarakatan dilaksanakan dalam bentuk pelatihan dan pendampingan langsung bagi guru dan calon guru, kepala sekolah, pengawas, hingga komunitas dan para orang tua.