Di tingkat nasional, INOVASI memberikan dukungan kepada Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Kemendikbudristek) dan Kementerian Agama (Kemenag) dengan berbagai fokus. Baik itu dalam bentuk respon dan upaya pemulihan dari dampak COVID-19, gender, disabilitas dan inklusi sosial (GEDSI), kurikulum nasional yang baru, sistem asesmen, standar perekrutan, pelatihan, penugasan dan pengembangan keprofesian guru, serta pedekatan-pendekatan baru untuk pendidikan karakter dan moderasi beragama. Bersama Kemendikbudristek, Kemenag, dan Bappenas, INOVASI terus memperkuat kolaborasi di tingkat pusat dan daerah - khususnya di empat provinsi mitra program, guna mempererat perencanaan dua arah yang strategis.
Nusa Tenggara Barat (NTB) adalah provinsi terbesar ke-13 di Indonesia dengan lebih dari 4,5 juta penduduk. Meskipun angka partisipasi siswa masuk sekolah meningkat, belum semua siswa di NTB belajar dengan efektif. Kualitas pembelajaran di provinsi ini masih tergolong rendah, terutama di jenjang pendidikan dasar. NTB merupakan provinsi mitra pertama INOVASI, dan implementasi program dilakukan di enam kabupaten yaitu Lombok Tengah, Lombok Utara, Sumbawa, Sumbawa Barat, Dompu dan Bima. INOVASI bekerja untuk memahami dan mengatasi tantangan pembelajaran di ruang kelas, khususnya yang terkait dengan kemampuan literasi dan numerasi siswa. Program ini menggunakan pendekatan yang khas dalam mengembangkan berbagai program rintisannya, dan bekerja serta mempelajari secara langsung bersama mitra-mitranya di daerah dalam mengeksplorasi dan mengidentifikasi permasalahan lokal, kemudian bersama-sama merancang solusi yang relevan guna mengatasi tantangan pembelajaran yang ditemui di daerah tersebut.
Di Provinsi Nusa Tenggara Timur, implementasi program dilakukan di keempat kabupaten yang ada di Pulau Sumba yaitu Sumba Barat Daya, Sumba Barat, Sumba Tengah, dan Sumba Timur. Pencanangan program INOVASI di Provinsi NTT dilaksanakan pada 2 November 2017 melalui penandatangan Nota Kesepahaman (Memorandum of Understanding-MoU) antara Pemerintah Provinsi NTT - yaitu Gubernur NTT, Drs. Frans Lebu Raya, dengan Kemendikbud - yang diwakili oleh Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan (Balitbang), Ir. Totok Suprayitno, Ph.D.
Di Kalimantara Utara (Kaltara) program INOVASI diluncurkan secara resmi pada 12 Desember 20171 di Kemendikbud, Jakarta. Program ini diimplementasikan di dua kabupaten yaitu Bulungan dan Malinau. Keberhasilan pilot literasi kelas awal menarik perhatian Kabupaten Tana Tidung untuk mengembangkan program yang sama. Pada akhir 2019, Tana Tidung dengan pembiayaan mandiri mereplikasi program pilot literasi kelas awal. Pada Fase I, upaya meningkatkan keterampilan literasi kelas awal, INOVASI menggunakan pendekatan khas yang disebut Problem Driven Iterative Adaptations (PDIA). Pendekatan ini dirancang untuk menggali masalah pendidikan, mendapatkan solusi lokal dan mengujicobakannya sampai berhasil. Di Kaltara pendekatan ini diterapkan untuk: Meningatkan kualitas pembelajaran, memperkuat budaya baca, serta pelayanan khusus bagi anak yang lamban membaca. Dalam pelaksanaan ketiga pendekatan tersebut, pemerintah kabupaten tidak hanya menerapkan di sekolah tapi juga melakukan kerjasama dengan masyarakat.
Di Provinsi Jawa Timur, implementasi program INOVASI diawali dengan pelaksanaan riset dan studi pemetaan pada akhir tahun 2017 yang dilakukan dalam rangka menemukan inovasi pembelajaran jenjang pendidikan dasar di Jawa Timur. Penelitian tersebut menemukan 165 praktik menjanjikan dalam bidang literasi, numerasi dan inklusi. Di Fase I (2017-2020), program ini diimplementasikan di lima kabupaten/kota yaitu di Sumenep, Pasuruan, Probolinggo, Sidoarjo, dan Kota Batu. INOVASI juga bekerja sama dengan organisasi & lembaga lainnya. Pada Fase II (2020-2023), program berfokus pada penguatan Pendidikan ke-Islaman dan mengawal pelaksanaan program diseminasi bersama lima kabupaten/kota. Kerja sama pun terus berlanjut dengan dua ormas Islam yang menaungi lembaga pendidikan dasar Islam, maupun dengan LPTK di Jatim.